晚清以来,清王朝面临的各种危机越来越严重,特别是与西方列强签订《辛丑条约》以后,内外交困的清统治者不得不摆出一副实行多方面变革的架势,即所谓清末“新政”。新政内容涉及社会生活的方方面面,在全国范围内予以推行。在内蒙古地区,除了推行与全国相同内容的新政措施外,放垦蒙地是清朝对蒙新政的特殊内容。1902年,贻谷被清廷任命为督办蒙旗垦务大臣,开始办理西蒙垦务。内蒙古东部地区的垦务是由黑龙江、吉林、盛京将军和热河都统分别督办的。蒙垦政策在施行中受到了蒙古族各界的普遍抵制,在一些蒙旗,如伊盟准格尔旗等地还发生了武装抗垦斗争。在数年内,许多牧场被开垦成农田,出现了大片的农业区。官府在放垦过程中,征收到大量的押荒银和地租。在许多不宜于农耕的地区,官办垦务破坏了植被,使当地的生态环境趋于恶化。
    清政府采纳一些封疆大吏和官员提出的“筹蒙改制”的建议,在内蒙古地区广设府厅州县,特别是在蒙垦推行后出现的农业区,厅县等地方治所的设置尤为集中。在内蒙古西部地区,当时设置了武川、陶林、东胜、兴和、五原等厅;东部在昭乌达盟境内设林西、开鲁二县,卓索图盟境内设阜新、绥东、建平等县,哲里木盟境内设洮南府、辽源州和靖安、开通等10个厅县,呼伦贝尔境内设胪滨府、呼伦厅等。成批地设置府厅州县,使盟旗管辖的地域不断缩小,蒙旗的权益也受到严重侵夺。
    编练新军是清末新政的一项重要内容。1901年,绥远城将军信恪从驻防的满洲八旗兵中挑选了300人,开始训练新式常备军和续备军。同时,他还挑选了60名满洲八旗子弟作为武备学生,创建了武备学堂。1903年,贻谷接任绥远城将军。他对编练新军十分重视,积极筹措军费,并为绥远地区的新军购买了新式枪炮。1904年,土默特旗的常备军得到改编,原有的300名兵丁缩编为200名,分为左右两翼,设有管带、哨官、排长等军官。1905年春,绥远新军订购到了400支毛瑟步枪,240支马枪,每支枪还带有1000粒子弹;土默特常备军也订购到了马、步快枪240支。此后,贻谷还派荣昌、赋仪等官员到京津地区找外国洋行订购了新式钢炮和另外一些新枪和子弹。同时,在绥远城内还为新军修建了军械所。这样,绥远新军的装备大有改观。
    1906年,绥远常备军改为陆军。这支陆军在原有的常备军基础上扩编为一个营,共计兵丁500余名。同时,绥远武备学堂也改为绥远陆军小学堂,开设了多门新课程,如修身、国文、英文、历史、地理、算学、格致、图画、训械、操练、兵学等。贻谷等官员也打算扩编绥远地区的陆军,筹建陆军中学堂。贻谷还在1906年创设了巡警,在绥远城(今呼和浩特市新城)内设巡警总局,下设四所分局,分驻该城东、西、南、北四街。这些巡警兵共120名,其警官和巡官大多由绥远武备学堂的一些毕业生担任。同时,土默特旗也创设了巡警兵。
绥远地区编练新军,虽然规模不大,但还是取得了一定的成效。到清朝覆亡时绥远地区已编练成陆军步兵、骑兵共3个营。另外,在1903年以后,察哈尔都统也对其蒙旗马队进行了编练,配备了新式武器。
    学制改革也是清末新政的一项重要内容。1903年,归绥道台朴寿把古丰书院改设为归绥中学堂,这是绥远地区较早的一所新式学堂。第二年,绥远城将军贻谷在启秀书院的旧址上创办了绥远中学堂。1905年,贻谷又在绥远城创办了1所蒙养学堂和5所蒙小学堂。1906年,归绥道台胡孚宸在归绥中学堂内又建立附设师范学堂和模范高等小学堂。这时,归绥道所属各厅几乎都成立了初等和高等小学堂。例如,丰镇厅就建立了4所高等小学堂。
绥远中学堂还从山西省聘请了两名教员,该校开的课程有经学、国文、算学、英文、格致、图画、历史、修身、地舆、体操、科学、博物等。绥远蒙养学堂后改为初等小学堂。贻谷还创设了半日学堂,将绥远蒙小学堂发展到10所。1907年,归化城副都统文哲珲把启运书院改为土默特高等小学堂,任命卜瑞机为堂长。
    1904年,归绥道曹受培用公费保送龚秉钧、李景泉等人到日本留学。另外,刘兆瑞等人也一同去日本自费留学。1908年,归化城副都统三多创办了一所图书馆。图书馆附设阅报社。该图书馆在民国年间改称绥远省立图书馆,今天的内蒙古图书馆就是在它的基础上创建的。
同一时期,内蒙古东部区的喀喇沁右旗也出现了一所新式学堂──崇正学堂;科尔沁左翼三旗在昌图联合创办了蒙汉高等小学堂和体育师范专修学堂。清政府还在北京创办了满蒙文高等学堂和殖边学堂等,专收或兼收蒙古族子弟入学。新学堂不仅传授新知识和新技术,也传播了新思想和新文化。
    创办实业也是推行新政的重要内容。1904年,贻谷和地方绅商创办了绥远工艺局,主要经营栽绒和皮革加工业。第二年,胡孚宸创办了归化城工艺局,主要经营毛纺织业,也属于官商合办。另外,贻谷还仿照内地的养济院创办了一家女工厂,称"恤纬堂",主要是制作军衣、军鞋和编织草帽等。这些工艺局和官办工厂只有几十人的规模,但对于推广技术和转移风气也有一定的积极作用。当时,贻谷等官员还整顿了土默特旗境内的煤炭窑。1902年,绥远城和归化城各设一邮寄代办所,不久,在萨拉齐、包头和托克托等厅内也出现了邮寄代办所。归化城还开设了电报业务。1908年春,张家口至绥远的铁路建筑开工。在内蒙古东部地区同时期内有喀喇沁旗综合工厂的出现,另外还有蒙古实业公司、大兴安岭祥裕木植公司以及郭尔罗斯前旗的大布苏造碱公司等实业也得以创办。北京至黑龙江、外蒙古的电报干线,在郭尔罗斯后旗和苏尼特右旗都设立了中继电报所;在昌图、赤峰等重要城镇都设立了电报局、所,随后又相当普遍地出现了邮政局、所。
    随着官放蒙地及相关的许多措施的推行,“蒙禁”政策变得更加松驰并最终被废除。蒙禁政策是禁止蒙古各部越界联系以及互相贸易、通婚,更禁止蒙古人学汉族文化、与汉人通婚,限制汉人到蒙地贸易、耕种等。这种人为的限制政策,在近代以来越来越松驰了。鸦片战争以后,清官府对旅蒙商的限制在逐步放松,而对所谓的“垦禁”,清政府从清中叶以来就对个别王公的招民垦种采取了默许态度。到19世纪末,清政府已在许多地区推行"官垦"蒙地。特别是清末新政期间的官放蒙地,不仅废除了垦禁,也是在鼓励汉民到蒙旗垦种和定居。同时期在蒙古地区施行的诸多政策也促进着蒙禁政策的废驰。1910年9月,清政府发布了关于为筹办蒙务应酌情变通旧例的奏议,明令废止了垦禁和商禁,允许并鼓励蒙汉通婚,允许蒙民学习汉文,可以聘请汉族教师等。这是清王朝对蒙政策转变的明显标志。
    随着时势变迁,清政府取消了蒙禁政策。从客观上看来,这有着较大的积极意义。因为蒙禁政策违背历史发展规律,也与广大民众的意愿相左。在废止蒙禁的同时,清王朝的许多政策又在损害着蒙古民族的传统权益,比如大规模的官办垦务,重在搜刮,忽视畜牧业和当地民众生活的具体情形。允许蒙民学习汉文,不久即走向其极端。清政府推行“宪政”时,规定只有“能通汉语”者才有选举和被选举的资格。实际上当时蒙旗很少有精通汉语者,官府不得不作出一些变通,却强调下不为例。